Liste sequenzierter Organismen
Unter sequenzierten Organismen versteht man Lebewesen, von deren Genom die Sequenz der Nukleinbasen (nahezu) vollständig bekannt ist. Teilweise liegen zu den DNA -Sequenzen auch schon vollständige Annotationen und Kartierungen der funktionalen Abschnitte (Gene , etc.) vor.
Mit Hilfe der modernen Techniken der Genomforschung wie der Polymerase-Kettenreaktion (PCR), der Hochdurchsatzsequenzierung und anderer Methoden geben immer mehr Organismen die Gesamtheit ihrer DNA-Sequenz und damit ihrer Gene preis. Man nennt die Ermittlung der Nukleinbasen-Sequenz auch DNA-Sequenzierung oder Genom-Sequenzierung. Seit 1995 wurden bereits mehr als 330 Genome sequenziert und beinah wöchentlich kommen neue hinzu. Inzwischen ist bereits die Sequenzierung von Individuen in Aussicht; die Firma 454 präsentierte im Juni 2007 James Watson seine Genomsequenz. Die Kosten sollen etwa eine Million US-Dollar betragen haben[1]
Besonders aufsehenerregend war die Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des Humangenomprojektes , deren Vollendung im Oktober 2003, nur wenige Monate nach dem 50-jährigen Jubiläum der Strukturaufklärung der DNA durch James Watson und Francis Crick verkündet wurde. Weniger spektakulär, doch keineswegs von weniger Bedeutung war allerdings auch die Sequenzierung anderer Genome, etwa dem des Reis , der Hausmaus oder des Schimpansen. Das erste vollständig sequenzierte Genom stammte von dem bakteriellen Krankheitserreger Haemophilus influenzae .
Den Großteil der sequenzierten Organismen machen bakterielle Mikroorganismen aus, also Archaebakterien und Bakterien inklusive der Cyanobakterien (Blaualgen). Die niederen Eukaryoten (meist pathogene Pilze) sind in dieser Liste selten und Mehrzeller entsprechend noch seltener. Der Grund dafür liegt vor allem in deren enormen Genomgröße im Vergleich zu Prokaryonten und auch in der Bedeutung der Mikroorganismen für die Medizin und die Biotechnik .
Gegenwärtig ist die Sequenzierung von weiteren etwa 900 bakteriellen Genomen und von etwa 550 Eukaryontengenomen in Arbeit. Finanziert werden die Projekte international meistens öffentlich, teilweise jedoch auch durch große Unternehmen der freien Wirtschaft.
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Liste der sequenzierten Organismen
In der folgenden Liste sind die bisher weitgehend vollständig sequenzierten Organismen aufgeführt.
Archaeen
Aeropyrum pernix - aus japanischen Thermalquellen
Archaeoglobus fulgidus - Schwefel-Archaea
Halobacterium spec. - aus Salzseen
Haloarcula marismortui - halophil
Methanobacterium thermoautotrophicum - Methanproduzierer
Methanococcoides burtonii - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob ; aus dem Ace Lake, Antarktis
Methanococcus jannaschii - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
Methanococcus maripaludis - Methanproduzierer, aus Salzseen in Georgia
Methanogenium frigidum - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob ; aus dem Ace Lake, Antarktis
Methanopyrus kandleri - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
Methanosarcina acetivorans - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend, aus Ölquellen, Rindermägen u. a.
Methanosarcina barkeri - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
Methanosarcina mazei - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
Methanosphaera stadtmanae - Methanproduzierer, Bewohner des menschlichen Dickdarms
Nanoarchaeum equitans - aus heißen Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
Natronomonas pharaonis - aus Natronseen in Ägypten
Picrophilus torridus -
Pyrobaculum aerophilum - aus heißen Quellen
Pyrococcus abyssi - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
Pyrococcus furiosus - aus heißen Sedimenten auf der Insel Vulcano, Italien von Fiala und Stetter isoliert
Pyrococcus horikoshii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
Pyrolobus fumarii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
Sulfolobus acidocaldarius - aus heißen Quellen
Sulfolobus solfataricus - aus heißen Schwefelquellen
Sulfolobus tokodaii - aus heißen Schwefelquellen
Thermococcus kodakaraensis - thermophil, obligat anaerob, Schwefel-Atmung
Thermoplasma acidophilum - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
Thermoplasma volcanium - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
Agrobacterium tumefaciens - pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend
Aquifex aeolicus - Hyperthermophiles Meeresbakterium
Bacillus anthracis - Anthrax -Erreger
Bacillus cereus - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
Bacillus halodurans - Enzymproduzierendes Bakterium (Industriell zur Enzymproduktion genutzt)
Bacillus subtilis - Endosporen-bildendes Bakterium (Industriell genutzt)
Bacteroides thetaiotaomicron - Darmbakterium
Bifidobacterium longum - Darmbakterium
Blochmannia floridanus - Bakterium in Symbiose mit der Rossameise Camponotus floridanus
Blochmannia pennsylvanicus - Bakterium in Symbiose mit der Rossameise Camponotus pennsylvanicus
Bordetella bronchiseptica - Erreger chronischer Infektionen der Atemwege
Bordetella parapertussis - Erreger von mildem Keuchhusten
Bordetella pertussis - Erreger von Keuchhusten
Borrelia burgdorferi - Borreliose -Erreger
Bradyrhizobium japonicum - Knöllchenbakterium der Sojabohne
Brucella melitensis - Erreger des Maltafiebers und der Schaf- und Ziegenbrucellose
Brucella suis - wirkt abtreibend, potentielle Biowaffe der USA, Erreger der Schweinebrucellose und der Hasenbrucellose
Buchnera aphidicola - Bakterium in Symbiose mit Blattläusen
Burkholderia mallei - Erreger des Rotzes bei Unpaarhufern, auch humanpathogen (Einsatz als Biowaffe)
Burkholderia pseudomallei - Erreger der Melioidose , vor allem in Südostasien
Campylobacter jejuni - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
Caulobacter crescentus - Süßwasserbakterium
Chlamydia muridarum - Atemwegsinfektionen bei Maus und Meerschweinchen
Chlamydia UWE25 - Umweltisolat; Endosymbiont , der in Amöben lebt
Chlamydophila caviae - Erreger von Augenentzündungen bei Meerschweinchen
Chlamydia trachomatis - Erreger der Harnröhrenentzündung
Chlamydophila pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
Chlorobium tepidum - Grünes Schwefelbakterium
Chromobacterium violaceum - humanpathogenes Bakterium (Diarrhoe und andere Erkrankungen)
Chromohalobacter salexigens
Clostridium acetobutylicum - Aceton- und Butanol -produzierendes Bakterium
Clostridium perfringens - Erreger von Diarrhoe und anderen Erkrankungen
Clostridium tetani - Tetanus -Erreger
Corynebacterium diphtheriae - Erreger der Diphtherie
Corynebacterium jeikeium - nosokomial pathogener Hautbewohner
Corynebacterium efficiens - Bakterium, industriell zur Produktion von Aminosäuren u. a. genutzt
Coxiella burnetti - Erreger des Q-Fieber
Dehalococcoides ethenogenes - anaerobe Atmung mit chlorierten Ethenen
Dehalococcoides CBDB1 - anaerobe Atmung mit polychlorierten Aromaten
Deinococcus radiodurans - extrem strahlungstolerantes Bakterium
Desulfotalea psychrophila - extrem kältetolerantes Bakterium des arktischen Eismeeres
Desulfovibrio vulgaris - Sulfat-reduzierendes Bakterium, auch in Ölfeldern vorkommend, dort als Schädling bei der Erdölförderung
Enterococcus faecalis - Darmbakterium , Modellorganismus
Escherichia coli - Darmbakterium , Modellorganismus
Fusobacterium nucleatum - verbreitetes Bakterium im Zahnbelag
Haemophilus ducreyi - Erreger des Schanker
Haemophilus influenzae - Erreger einer Erkältung
Helicobacter hepaticus - Erreger chronischer Hepatitis und von Lebergeschwüren bei Mäusen.
Helicobacter pylori - Erreger von Magengeschwüren
Lactobacillus plantarum - Milchsäurebakterium
Lactococcus lactis - Milchsäurebakterium, verwendet zur Käseherstellung
Legionella pneumophila - Erreger der Legionärskrankheit
Leifsonia xyli - pflanzenpathogenes Bakterium
Leptospira interrogans - Erreger der Leptospirose
Listeria innocua - nicht pathogene Listeria-Art
Listeria monocytogenes - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
Mannheimia succiniciproducens - symbiotisches Bakterium im Magen von Kühen
Mesoplasma florum - Bakterium mit extrem kleinen Genom
Mesorhizobium loti - Knöllchenbakterium bei Lotus-Arten
Mycobacterium leprae - Erreger der Lepra
Mycobacterium bovis - Erreger der Rindertuberkulose
Mycobacterium paratuberculosis - Erreger der Rinderkrankheit Johne's Desease
Mycobacterium tuberculosis - Erreger der Tuberkulose
Mycoplasma gallisepticum - Erreger einer chronischen Atemwegserkrankung bei Geflügel
Mycoplasma genitalium - Erreger von Infektionen des Genitaltraktes
Mycoplasma penetrans - Erreger von Entzündungen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege, evtl. assoziiert mit dem HI-Virus (AIDS )
Mycoplasma pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
Mycoplasma pulmonis - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege bei Mäusen
Myxococcus xanthus - schwarmbildendes Deltaproteobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
Neisseria meningitidis - Erreger der Meningitis (Hirnhautentzündung )
Nitrobacter hamburgensis
Nitrosomonas europaea - Ammoniak-oxidierendes, Nitrit-bildendes Bakterium
Oceanobacillus iheyensis - Tiefseebakterium
Paracoccus denitrificans - denitrifizierendes Bodenbakterium
Pasteurella multocida - Erreger von Vogelcholera und Ansteckendem Kaninchenschnupfen , Arthritis bei Schweinen und Menschen u.a.
Photorhabdus luminescens - Bakterium in Symbiose mit insektenpathogenen Fadenwürmern
Porphyromonas gingivalis - Erreger von Parodontose
Pseudomonas aeruginosa - als Opportunist bei geschwächtem Immunsystem pathogen
Pseudomonas putida - häufiges Bodenbakterium
Pseudomonas syringae - pflanzenpathogenes Bakterium, u. a. an Tomaten
Psychrobacter cryohalolentis
Ralstonia solanacearum - pflanzenpathogenes Bakterium, Welke bei Hunderten verschiedener Pflanzenarten
Rhodopirellula baltica - Rotes Meeresbakterium
Rhodopseudomonas palustris - Purpurbakterium
Rickettsia conorii - Erreger des Mittelmeer-Fleckfiebers
Rickettsia prowazekii - Erreger einer Typhus -Art
Rickettsia sibirica - Erreger von Zeckenfieber in Nordasien
Rickettsia typhi - Erreger des Mäusetyphus (auch humanpathogen)
Salmonella typhi - Erreger des Typhus
Salmonella typhimurium - Erreger des Typhusfieber bei der Maus
Shewanella oneidensis - Bodenbakterium, das Metallverbindungen umsetzt
Shigella flexneria - evtl. Ursache von Plötzlichem Kindstod
Sodalis glossinidius morsitans - Endosymbiont der Tsetse-Fliege
Sorangium cellulosum - schwarmbildendes Myxobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
Sinorhizobium meliloti - Knöllchenbakterium der Luzerne
Staphylococcus aureus - Erreger von Scharlach und Toxinschock
Staphylococcus epidermidis - Hautbakterium , Wundinfektionen
Streptococcus agalactiae - Erreger von schweren Neugeboreneninfektionen, Meningitis u. a.
Streptococcus mutans - Erreger von Karies
Streptococcus pneumoniae - Erreger von Lungenentzündungen , Meningitis und Blutvergiftungen
Streptococcus pyogenes - Erreger von Rheumatischem Fieber , Toxinschocks u. a.
Streptomyces avermitilis - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt)
Streptomyces coelicolor - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt)
Thermoanaerobacter tengcongensis - Bakterium aus heißen Quellen in der Volksrepublik China
Thermotoga maritima - sehr säureliebendes Bakterium
Thermus thermophilus - hitzeliebendes, aquatisches Bakterium, Enzyme des Bakteriums finden Einsatz in der PCR und anderswo
Treponema pallidum - Erreger der Syphilis
Tropheryma whipplei - Erreger der Whipple-Krankheit
Ureaplasma urealyticum - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes
Vibrio cholerae - Erreger der Cholera
Vibrio fischeri - Leuchtbakterium, das im Meer lebt und für den Nachweis von Schadstoffen verwendet wird, u. a. für die Qualitätsbestimmung von Abwasser
Vibrio parahaemolyticus - Erreger schwerer Magen-Darm-Entzündungen
Vibrio vulnificus - Meeresbakterium, kann bei Verzehr von rohen Meeresorganismen zu Erkrankungen führen
Wigglesworthia glossinidia - Erreger der Schlafkrankheit
Wolinella succinogenes - Bakterium im Rindermagen
Xanthomonas axonopodis - pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Zitronenkrebs bei Zitrusfrüchten
Xanthomonas campestris - pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Schwarzfäule bei Kreuzblütlern
Xylella fastidiosa - pflanzenpathogenes Bakterium, schwerer Schädling in Obst-, Nuss- und Kaffee-Plantagen in Nord- und Südamerika
Yersinia pestis - Erreger der Pest
Cyanobakterien (veraltete Bezeichnung: "Blaualgen")
Anabaena spec. - mehrzellig, Trichom-bildend
Gloeobacter violaceus - mit Schleimkapseln
Prochlorococcus marinus - Meeresbakterium
Synechococcus spec. - im Meer lebend
Synechocystis spec. - im Meer lebend
Thermosynechococcus elongatus - thermophil
Eukaryoten
Protisten
Encephalitozoon cuniculi - Einzeller , Erreger einer schweren Diarrhoe
Leishmania infantum
Leishmania major - Einzeller, Erreger der kutanen Leishmaniose (Orientbeule)
Plasmodium falciparum - Einzeller, Erreger der Malaria
Plasmodium yoelii yoelii - Einzeller, Erreger der Malaria bei Nagetieren
Tetrahymena thermophilus
Thalassiosira pseudonana - marine Kieselalge
Trypanosoma brucei
Trypanosoma congolense
Trypanosoma cruci
Trypanosoma vivax
Trichomonas vaginalis [2]
Pilze
Ashbya gossypii - pathogener Pilz, der Zitrusfrüchte und Baumwolle befällt
Aspergillus fumigatus - humanpathogener Schimmelpilz
Aspergillus nidulans - Schimmelpilz
Candida albicans - humanpathogener Pilz
Debaryomyces hansenii - salztoleranter Hefepilz
Kluyveromyces lactis - Hefepilz, der potentiell zur Produktion von Medikamenten genutzt werden kann
Kluyveromyces waltii - Hefepilz
Magnaporthe grisea - Reisbrandpilz
Neurospora crassa - Orangefarbener Brotschimmel, Modellorganismus
Phanerochaete chrysosporium - Weißfäulepilz
Saccharomyces cerevisiae - Bäckerhefe
Schizosaccharomyces pombe - Spalthefe
Trichoderma reesei - Schimmelpilz
Yarrowia lipolytica - wenig bekannter Hefepilz
Pflanzen
Tiere
Aedes aegypti - Gelbfiebermücke [3]
Anopheles gambiae - Malariamücke
Apis mellifera - die Westliche Honigbiene
Caenorhabditis briggsae - Fadenwurm
Caenorhabditis elegans - Fadenwurm, Modellorganismus
Ciona intestinalis - Seescheide
Ciona savignyi - Seescheide
Danio rerio - Zebrabärbling (Zebrafisch) , Modellorganismus
Drosophila melanogaster - Taufliege, Modellorganismus
Fugu rubripes - Kugelfisch
Felis catus - Hauskatze (Rasse: Abessinierkatze)[4]
Gallus gallus - Haushuhn
Homo sapiens - Mensch
Macaca mulatta - Rhesusaffe
Monodelphis domestica - Opossum
Mus musculus - Hausmaus , Modellorganismus
Ornithorhynchus anatinus - Schnabeltier
Pan troglodytes - Gemeiner Schimpanse
Rattus norvegicus - Wanderratte
Strongylocentrotus purpuratus Purpur-Seeigel [5]
Quellenangaben
↑ Co-Discoverer Of DNA Presented With His Own Genome Sequence
↑ http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/315/5809/207
↑
Nene V, Wortman JR et al.:Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector. Science. 2007 May 17, PMID 17510324
↑ http://www.wissenschaft.de/wissenschaft/news/285014.html
↑ Sea Urchin Genome Sequencing Consortium; Sodergren E. et al.The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Science. 2006 Nov 10;314(5801):941-52.
PMID 17095691