Une avancée dans la compréhension des protéines COVID-19
Des chercheurs ont publié une base de données révolutionnaire pour les simulations de dynamique moléculaire
Conçu pour répondre au besoin urgent de comprendre les subtilités moléculaires de l'infection par le SRAS-CoV-2, BioExcel-CV19 est un référentiel de simulations de dynamique moléculaire (MD). Les chercheurs de l'IRB Barcelone, dirigés par le Dr Modesto Orozco, ont construit cette base de données qui comprend des informations de flexibilité essentielles pour comprendre les rôles des protéines clés du virus, telles que la protéine Spike, le domaine de liaison au récepteur (RBD) et l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp), fournissant ainsi plus de 10 000 trajectoires.
Représentation du domaine de la protéine SARS-CoV-2 Spike, disponible dans la nouvelle base de données de dynamique moléculaire BioExcel-CV19.
IRB Barcelona, CC BY-NC-ND
"Modesto Orozco, chef du laboratoire de modélisation moléculaire et de bioinformatique à l'IRB de Barcelone et professeur à l'université de Barcelone, explique : "Cette base de données représente un changement dans les bases de données de dynamique moléculaire, car elle est conçue pour gérer de grands systèmes et de longues trajectoires tout en s'intégrant de manière transparente aux simulations modernes de dynamique moléculaire. "Il rassemble des trajectoires fournies par divers groupes de recherche, illustrant une approche collaborative qui favorise les découvertes scientifiques", ajoute-t-il.
L'article, publié dans Nucleic Acids Research, ne met pas seulement en évidence les caractéristiques de BioExcel-CV19, mais souligne également l'importance du stockage des simulations MD. Les simulations stockées garantissent la reproductibilité des résultats et facilitent l'analyse à l'échelle de la communauté. "Les plateformes comme BioExcel-CV19 devraient devenir une norme, à l'instar de la banque de données sur les protéines (PDB) en biologie structurale", déclare Adam Hospital, chercheur associé à l'IRB Barcelone, qui a dirigé ces travaux avec le Dr Orozco.
L'impact de BioExcel-CV19 s'étend à divers domaines scientifiques, notamment la virologie, la génomique, la biologie structurale et moléculaire, la conception de médicaments, la simulation biomoléculaire et l'apprentissage automatique/approfondi. Les données ouvertes fournies deviennent une ressource précieuse pour l'entraînement des modèles, influençant les domaines qui utilisent les données à des fins diverses.
Dans le domaine de la simulation biomoléculaire, BioExcel-CV19 fournit une mine de données pour affiner les algorithmes et les champs de force MD. Le potentiel de réanalyse et de réutilisation des données ouvre la voie à de nouvelles découvertes et méta-analyses, faisant de BioExcel-CV19 un atout précieux pour la communauté scientifique.
Les efforts futurs du laboratoire se concentreront sur l'avancement de BioExcel-CV19, en veillant à ce qu'il évolue avec le paysage toujours changeant de la recherche sur le COVID-19. La base de données sera continuellement mise à jour avec de nouvelles simulations et des analyses suggérées par les utilisateurs, ce qui favorisera les collaborations et les découvertes.
BioExcel-CV19 sert également de prototype pour un projet ambitieux appelé MDDB. Coordonné par l'IRB de Barcelone, ce projet européen vise à concevoir un référentiel européen pour les données de biosimulation. Avec un consortium comprenant l'Université d'Oxford, le Barcelona Supercomputing Center (BSC), le CECAM, l'EMBL-EBI, le KTH et Nostrum Biodiscovery (NBD), MDDB représente une étape pionnière vers des infrastructures fédérées et distribuées.
BioExcel-CV19 est un portail web qui permet aux utilisateurs d'explorer et d'interroger les données de manière interactive.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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