Une nouvelle plateforme gratuite facilite l'analyse des données microbiologiques
Cette plateforme rassemble 884 outils d'analyse destinés à la microbiologie et assure la transparence de l'analyse des données
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Une équipe de recherche internationale, composée notamment de chercheurs de l’université de Fribourg, a présenté le « Microbiology Galaxy Lab » dans la revue Communications Biology. Cette plateforme en ligne gratuite permet aux chercheurs du monde entier d’analyser de grands volumes de données microbiologiques et de garantir la transparence et la réutilisabilité de leurs analyses.
Qu’il s’agisse de l’étude des agents pathogènes, de la résistance aux antibiotiques ou de la biodiversité, la microbiologie génère des volumes de données toujours plus importants. L’analyse de ces données nécessite souvent des logiciels spécialisés, des ordinateurs hautement performants et des compétences approfondies en programmation. Afin de rendre ces analyses plus accessibles, un groupe de chercheurs issus de différents pays a développé conjointement le « Microbiology Galaxy Lab ». Ils collaborent au sein de la « communauté microGalaxy » internationale, qui met en commun leur expertise en microbiologie et en bioinformatique et améliore en permanence les capacités de la plateforme. Des membres de l’équipe Galaxy de Fribourg, rattachée au département d’informatique de l’université de Fribourg et dirigée par le Dr Björn Grüning, ont également participé à ce projet.
Simplifier l’analyse des données microbiologiques
La plateforme repose sur le logiciel open source bien établi Galaxy et propose plus de 884 outils d’analyse ainsi que de nombreux processus d’analyse préconfigurés, appelés « workflows ». Aucune installation logicielle distincte ni aucun ordinateur haute performance ne sont nécessaires. Des serveurs publics fournissent gratuitement la puissance de calcul nécessaire. De plus, des tutoriels, des vidéos de formation et des parcours d’apprentissage structurés facilitent la prise en main et apportent un soutien dans l’utilisation des applications.
« La recherche microbiologique repose de plus en plus sur l’analyse d’ensembles de données volumineux et complexes. Avec le “Microbiology Galaxy Lab”, nous souhaitons faire en sorte que les méthodes d’analyse modernes ne soient pas réservées aux grands instituts de recherche disposant de ressources techniques importantes, mais que les scientifiques du monde entier puissent en bénéficier », explique le Dr Paul Zierep, chercheur au département d’informatique de l’université de Fribourg et co-coordinateur de la « communauté microGalaxy » internationale.
Le Dr Paul Zierep, chercheur au département d’informatique de l’université de Fribourg et co-coordinateur de la « communauté microGalaxy » internationale : « La recherche microbiologique repose de plus en plus sur l’analyse d’ensembles de données volumineux et complexes. Avec le « Microbiology Galaxy Lab », nous voulons faire en sorte que les méthodes d’analyse modernes ne soient pas réservées aux grands instituts de recherche disposant de ressources techniques importantes, mais que les scientifiques du monde entier puissent en bénéficier. »
Assurer la transparence des résultats scientifiques
Une attention particulière est accordée à la transparence et à la reproductibilité des analyses scientifiques. Le « Microbiology Galaxy Lab » documente chacune des étapes afin que d’autres chercheurs puissent les vérifier et les utiliser pour leurs propres travaux. Ce faisant, il respecte les principes dits « FAIR » : les données de recherche doivent être faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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