Uma nova plataforma gratuita simplifica a análise de dados microbiológicos
A plataforma reúne 884 ferramentas analíticas para a microbiologia e torna a análise de dados transparente
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Uma equipa de investigação internacional, que inclui investigadores da Universidade de Friburgo, apresentou o «Microbiology Galaxy Lab» na revista Communications Biology. Esta plataforma online gratuita permite que investigadores de todo o mundo analisem grandes volumes de dados microbiológicos e garantam que as suas análises sejam transparentes e reutilizáveis.
Seja no estudo de agentes patogénicos, da resistência aos antibióticos ou da biodiversidade, a microbiologia está a gerar volumes cada vez maiores de dados. A análise destes dados requer frequentemente software especializado, computadores de alto desempenho e competências avançadas de programação. Para tornar essas análises mais acessíveis, um grupo de investigadores de vários países desenvolveu em conjunto o Microbiology Galaxy Lab. Colaboram no âmbito da «comunidade microGalaxy» internacional, que reúne os seus conhecimentos especializados em microbiologia e bioinformática e aperfeiçoa continuamente as capacidades da plataforma. Também participaram membros da Equipa Galaxy de Friburgo, do Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Friburgo, liderada pelo Dr. Björn Grüning.
Simplificar a análise de dados microbiológicos
A plataforma baseia-se no software de código aberto Galaxy, já bem estabelecido, e disponibiliza mais de 884 ferramentas de análise e inúmeros processos de análise pré-configurados, conhecidos como fluxos de trabalho. Não são necessárias instalações de software separadas nem computadores de alto desempenho. Os servidores públicos disponibilizam gratuitamente a capacidade computacional necessária. Além disso, tutoriais, vídeos de formação e percursos de aprendizagem estruturados facilitam a iniciação e prestam apoio na utilização das aplicações.
«A investigação microbiológica depende cada vez mais da análise de conjuntos de dados grandes e complexos. Com o “Microbiology Galaxy Lab”, pretendemos garantir que os métodos analíticos modernos não estejam disponíveis apenas para grandes instituições de investigação com recursos técnicos extensos, mas que os cientistas de todo o mundo possam beneficiar deles», afirma o Dr. Paul Zierep, investigador do Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Friburgo e co-coordenador da «comunidade microGalaxy» internacional.
Dr. Paul Zierep, investigador do Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Friburgo e co-coordenador da «comunidade microGalaxy» internacional: «A investigação microbiológica depende cada vez mais da análise de conjuntos de dados grandes e complexos. Com o «Microbiology Galaxy Lab», pretendemos garantir que os métodos analíticos modernos não estejam disponíveis apenas para grandes instituições de investigação com vastos recursos técnicos, mas que os cientistas de todo o mundo possam beneficiar deles.»
Tornar os resultados científicos transparentes
É dada especial atenção à transparência e à reprodutibilidade das análises científicas. O «Microbiology Galaxy Lab» documenta cada etapa individual para que outros investigadores possam verificá-las e utilizá-las nas suas próprias investigações. Ao fazê-lo, cumpre os chamados princípios FAIR: os dados de investigação devem ser localizáveis, acessíveis, interoperáveis e reutilizáveis.
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