Una nueva plataforma gratuita simplifica el análisis de datos microbiológicos
La plataforma reúne 884 herramientas analíticas para microbiología y aporta transparencia al análisis de datos
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Un equipo internacional de investigación, en el que participan investigadores de la Universidad de Friburgo, ha presentado el «Microbiology Galaxy Lab» en la revista Communications Biology. Esta plataforma en línea gratuita permite a los investigadores de todo el mundo analizar grandes volúmenes de datos microbiológicos y garantizar que sus análisis sean transparentes y reutilizables.
Ya sea en el estudio de los patógenos, la resistencia a los antibióticos o la biodiversidad, la microbiología está generando volúmenes de datos cada vez mayores. El análisis de estos datos suele requerir software especializado, ordenadores de alto rendimiento y amplios conocimientos de programación. Para hacer que estos análisis sean más accesibles, un grupo de investigadores de diversos países ha desarrollado conjuntamente el Microbiology Galaxy Lab. Colaboran en el marco de la «comunidad microGalaxy» internacional, que aúna sus conocimientos especializados en microbiología y bioinformática y perfecciona continuamente las capacidades de la plataforma. También han participado miembros del equipo Galaxy de Friburgo, del Departamento de Informática de la Universidad de Friburgo, dirigido por el Dr. Björn Grüning.
Simplificación del análisis de datos microbiológicos
La plataforma se basa en el consolidado software de código abierto Galaxy y ofrece más de 884 herramientas de análisis y numerosos procesos de análisis preconfigurados, conocidos como flujos de trabajo. No se requieren instalaciones de software independientes ni ordenadores de alto rendimiento. Los servidores públicos proporcionan la capacidad de cálculo necesaria de forma gratuita. Además, los tutoriales, los vídeos formativos y las rutas de aprendizaje estructuradas facilitan los primeros pasos y ofrecen apoyo en el uso de las aplicaciones.
«La investigación microbiológica depende cada vez más del análisis de conjuntos de datos grandes y complejos. Con el “Microbiology Galaxy Lab”, pretendemos garantizar que los métodos analíticos modernos no solo estén al alcance de las grandes instituciones de investigación con amplios recursos técnicos, sino que los científicos de todo el mundo puedan beneficiarse de ellos», afirma el Dr. Paul Zierep, investigador del Departamento de Informática de la Universidad de Friburgo y coordinador adjunto de la «comunidad microGalaxy» internacional.
El Dr. Paul Zierep, investigador del Departamento de Informática de la Universidad de Friburgo y coordinador adjunto de la «comunidad microGalaxy» internacional: «La investigación microbiológica depende cada vez más del análisis de conjuntos de datos grandes y complejos. Con el «Microbiology Galaxy Lab», nuestro objetivo es garantizar que los métodos analíticos modernos no solo estén al alcance de las grandes instituciones de investigación con amplios recursos técnicos, sino que los científicos de todo el mundo puedan beneficiarse de ellos».
Transparencia de los resultados científicos
Se presta especial atención a la transparencia y la reproducibilidad de los análisis científicos. El «Microbiology Galaxy Lab» documenta cada uno de los pasos para que otros investigadores puedan verificarlos y utilizarlos en sus propias investigaciones. Al hacerlo, se ajusta a los denominados principios FAIR: los datos de investigación deben ser localizables, accesibles, interoperables y reutilizables.
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