Una nuova piattaforma gratuita semplifica l'analisi dei dati microbiologici
La piattaforma riunisce 884 strumenti analitici per la microbiologia e rende trasparente l'analisi dei dati
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Un gruppo di ricerca internazionale, che comprende ricercatori dell’Università di Friburgo, ha presentato il “Microbiology Galaxy Lab” sulla rivista Communications Biology. Questa piattaforma online gratuita consente ai ricercatori di tutto il mondo di analizzare grandi volumi di dati microbiologici e di garantire che le loro analisi siano trasparenti e riutilizzabili.
Che si tratti dello studio degli agenti patogeni, della resistenza agli antibiotici o della biodiversità, la microbiologia genera volumi di dati sempre crescenti. L’analisi di questi dati richiede spesso software specializzati, computer ad alte prestazioni e competenze di programmazione approfondite. Per rendere tali analisi più accessibili, un gruppo di ricercatori provenienti da diversi paesi ha sviluppato congiuntamente il Microbiology Galaxy Lab. Essi collaborano all’interno della “microGalaxy community” internazionale, che mette in comune le competenze in microbiologia e bioinformatica e perfeziona continuamente le funzionalità della piattaforma. Hanno partecipato al progetto anche i membri del Freiburg Galaxy Team del Dipartimento di Informatica dell’Università di Friburgo, guidati dal dott. Björn Grüning.
Semplificare l’analisi dei dati microbiologici
La piattaforma si basa sul consolidato software open source Galaxy e mette a disposizione oltre 884 strumenti di analisi e numerosi processi di analisi preconfigurati, noti come flussi di lavoro. Non sono necessarie installazioni software separate né computer ad alte prestazioni. I server pubblici mettono a disposizione gratuitamente la capacità di calcolo necessaria. Inoltre, tutorial, video formativi e percorsi di apprendimento strutturati facilitano l’avvio e forniscono supporto nell’utilizzo delle applicazioni.
«La ricerca microbiologica si affida sempre più all’analisi di set di dati grandi e complessi. Con il “Microbiology Galaxy Lab”, miriamo a garantire che i moderni metodi analitici non siano disponibili solo per i grandi istituti di ricerca dotati di ampie risorse tecniche, ma che gli scienziati di tutto il mondo possano trarne beneficio», afferma il dott. Paul Zierep, ricercatore presso il Dipartimento di Informatica dell’Università di Friburgo e co-coordinatore della «microGalaxy community» internazionale.
Il dott. Paul Zierep, ricercatore presso il Dipartimento di Informatica dell’Università di Friburgo e co-coordinatore della “microGalaxy community” internazionale: “La ricerca microbiologica si affida sempre più all’analisi di set di dati grandi e complessi. Con il “Microbiology Galaxy Lab” miriamo a garantire che i moderni metodi analitici non siano disponibili solo per i grandi istituti di ricerca dotati di vaste risorse tecniche, ma che gli scienziati di tutto il mondo possano trarne beneficio».
Rendere trasparenti i risultati scientifici
Particolare attenzione è rivolta alla trasparenza e alla riproducibilità delle analisi scientifiche. Il “Microbiology Galaxy Lab” documenta i singoli passaggi in modo che altri ricercatori possano verificarli e utilizzarli per le proprie indagini. In tal modo, aderisce ai cosiddetti principi FAIR: i dati di ricerca devono essere reperibili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili.
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