Neue, kostenlose Plattform erleichtert die Analyse mikrobiologischer Daten
Plattform bündelt 884 Analysewerkzeuge für die Mikrobiologie und macht Datenanalysen nachvollziehbar
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Ein internationales Forschungsteam mit Beteiligung der Universität Freiburg stellt in der Fachzeitschrift „Communications Biology“ das „Microbiology Galaxy Lab“ vor. Die kostenlose Online-Plattform ermöglicht es Forschenden weltweit, große Mengen mikrobiologischer Daten auszuwerten und ihre Analysen nachvollziehbar und wiederverwendbar zu machen.
Ob bei der Erforschung von Krankheitserregern, Antibiotikaresistenzen oder der biologischen Vielfalt: In der Mikrobiologie fallen immer größere Datenmengen an. Ihre Auswertung erfordert häufig spezielle Software, leistungsfähige Computer und umfangreiche Programmierkenntnisse. Um den Zugang zu solchen Analysen zu erleichtern, hat eine Gruppe von Forschenden aus verschiedenen Ländern gemeinsam das „Microbiology Galaxy Lab“ entwickelt. Sie arbeiten in der internationalen „microGalaxy-Community“ zusammen, die ihre Expertise aus Mikrobiologie und Bioinformatik bündelt und das Angebot kontinuierlich weiterentwickelt. Beteiligt waren auch Mitglieder des Freiburg Galaxy Teams am Institut für Informatik der Universität Freiburg unter Leitung von Dr. Björn Grüning .
Mikrobiologische Daten einfach analysieren
Die Plattform basiert auf der etablierten Open-Source-Software Galaxy und stellt 884 Analysewerkzeuge und zahlreiche vorgefertigte Analyseabläufe, sogenannte Workflows, bereit. Eigene Softwareinstallationen oder leistungsstarke Rechner sind dafür nicht erforderlich. Öffentliche Server stellen die benötigten Rechenkapazitäten kostenlos zur Verfügung. Zudem erleichtern Tutorials, Schulungsvideos und strukturierte Lernpfade den Einstieg und unterstützen bei der Nutzung der Anwendungen.
„Die mikrobiologische Forschung ist zunehmend auf die Auswertung großer und komplexer Datenmengen angewiesen. Mit dem „Microbiology Galaxy Lab“ möchten wir dazu beitragen, dass moderne Analysemethoden nicht nur großen Forschungseinrichtungen mit umfangreichen technischen Ressourcen zur Verfügung stehen, sondern Wissenschaftlerinnen weltweit davon profitieren können“, sagt Dr. Paul Zierep , Wissenschaftler am Institut für Informatik der Universität Freiburg und Co-Koordinator der internationalen „microGalaxy- Community“.
Dr. Paul Zierep, Wissenschaftler am Institut für Informatik der Universität Freiburg und Co-Koordinator der internationalen „microGalaxy-Community“: „Die mikrobiologische Forschung ist zunehmend auf die Auswertung großer und komplexer Datenmengen angewiesen. Mit dem „Microbiology Galaxy Lab“ möchten wir dazu beitragen, dass moderne Analysemethoden nicht nur großen Forschungseinrichtungen mit umfangreichen technischen Ressourcen zur Verfügung stehen, sondern Wissenschaftlerinnen weltweit davon profitieren können.“
Wissenschaftliche Ergebnisse nachvollziehbar machen
Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf der Nachvollziehbarkeit und Reproduzierbarkeit wissenschaftlicher Analysen. Das „Microbiology Galaxy Lab“ dokumentiert die einzelnen Arbeitsschritte, sodass andere Forschende diese überprüfen und für eigene Untersuchungen nutzen können. Dabei orientiert es sich an den sogenannten FAIR-Prinzipien: Forschungsdaten sollen auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar sein.
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