¿De dónde viene Omicron?

Descubierta por primera vez hace un año en Sudáfrica, la variante del SARS-CoV-2, posteriormente apodada "Omicron", se extendió por todo el mundo a una velocidad increíble. Todavía no está claro cómo, cuándo y dónde se originó este virus. Ahora, un estudio publicado en la revista Science por investigadores de la Charité - Universitätsmedizin de Berlín y una red de instituciones africanas muestra que los predecesores de Omicron existían en el continente africano mucho antes de que se identificaran los primeros casos, lo que sugiere que Omicron surgió gradualmente a lo largo de varios meses en diferentes países de África.

Desde el comienzo de la pandemia, el coronavirus ha cambiado constantemente. El mayor salto observado en la evolución del SARS-CoV-2 hasta la fecha fue observado por los investigadores hace un año, cuando se descubrió una variante que difería del genoma del virus original en más de 50 mutaciones. Detectada por primera vez en un paciente de Sudáfrica a mediados de noviembre de 2021, la variante bautizada posteriormente como Omicron BA.1 se extendió a 87 países de todo el mundo en pocas semanas. A finales de diciembre, había sustituido a la variante Delta, anteriormente dominante en todo el mundo.

Desde entonces, las especulaciones sobre el origen de esta variante altamente transmisible se han centrado en dos teorías principales: O bien el coronavirus saltó de un humano a un animal donde evolucionó antes de infectar de nuevo a un humano como Omicron, o bien el virus sobrevivió en una persona con un sistema inmunitario comprometido durante un periodo de tiempo más largo y ahí es donde se produjeron las mutaciones. Un nuevo análisis de muestras de COVID-19 recogidas en África antes de la primera detección de Omicron pone ahora en duda estas dos hipótesis.

El análisis ha sido realizado por un equipo de investigación internacional dirigido por el profesor Jan Felix Drexler, científico del Instituto de Virología de Charité y del Centro Alemán de Investigación de Infecciones (DZIF). Otros socios clave de la red europeo-africana fueron la Universidad de Stellenbosch, en Sudáfrica, y el Laboratorio de Fiebre Hemorrágica Viral (LFHB), en Benín. Los científicos empezaron por desarrollar una prueba especial de PCR para detectar específicamente la variante BA.1 de Omicron. A continuación, analizaron más de 13.000 muestras respiratorias de pacientes con COVID-19 que se habían tomado en 22 países africanos entre mediados de 2021 y principios de 2022. Al hacerlo, el equipo de investigación encontró virus con mutaciones específicas de Omicron en 25 personas de seis países diferentes que contrajeron COVID-19 en agosto y septiembre de 2021, dos meses antes de que la variante se detectara por primera vez en Sudáfrica.

Para conocer mejor los orígenes de Omicron, los investigadores también descodificaron, o "secuenciaron", el genoma viral de unas 670 muestras. Esta secuenciación permite detectar nuevas mutaciones e identificar nuevos linajes virales. El equipo descubrió varios virus que mostraban diversos grados de similitud con Omicron, pero no eran idénticos. "Nuestros datos demuestran que Omicron tuvo diferentes ancestros que interactuaron entre sí y circularon por África, a veces de forma simultánea, durante meses", explica el profesor Drexler. "Esto sugiere que la variante BA.1 Omicron evolucionó gradualmente, durante lo cual el virus se adaptó cada vez más a la inmunidad humana existente". Además, los datos de la PCR llevaron a los investigadores a concluir que, aunque Omicron no se originó únicamente en Sudáfrica, primero dominó las tasas de infección allí antes de extenderse de sur a norte por todo el continente africano en sólo unas semanas.

"Esto significa que el repentino aumento de Omicron no puede atribuirse a un salto desde el reino animal o a la aparición en una sola persona inmunodeprimida, aunque estos dos escenarios también pueden haber desempeñado un papel en la evolución del virus", afirma el profesor Drexler. "El hecho de que Omicron nos haya cogido por sorpresa se debe más bien al punto ciego de diagnóstico que existe en grandes partes de África, donde presumiblemente sólo se registra una pequeña fracción de las infecciones por SARS-CoV-2". Por tanto, la evolución gradual de Omicron simplemente se pasó por alto. Por ello, es importante que ahora reforcemos significativamente los sistemas de vigilancia del diagnóstico en el continente africano y en regiones comparables del Sur Global, facilitando al mismo tiempo el intercambio de datos a nivel mundial. Sólo unos buenos datos pueden evitar que los responsables políticos apliquen a destiempo medidas de contención potencialmente eficaces, como las restricciones a los viajes, que pueden acabar causando más perjuicios económicos y sociales que beneficios."