CARTANA‑Mitgründer starten CubaseBio und sichern 5,9 Mio. € für echte 3D‑Transkriptomik

Die Finanzierung wird zur Beschleunigung der technologischen Entwicklung und Kommerzialisierung der räumlichen Transkriptomik-Technologie der nächsten Generation des Unternehmens verwendet. Im Gegensatz zu herkömmlichen räumlichen 2D-Techniken, die auf dünne Gewebeschnitte beschränkt sind, ermöglicht die Technologie von CubaseBio eine echte dreidimensionale Analyse in großem Maßstab. Diese Technologie ermöglicht den Forschern einen noch nie dagewesenen Einblick in komplexe 3D-Gewebestrukturen.

CubaseBio wurde im Jahr 2024 von Malte Kuhnemund, Xiaoyan Qian, Toon Verheyen und Paulius Mielinis gegründet. Zu den wissenschaftlich beratenden Mitgründern gehören Joshua Weinstein (Assistant Professor of Molecular Engineering an der UChicago) und Björn Högberg (Professor und Leiter der Abteilung Medizinische Biochemie und Biophysik am Karolinska Institut, Schweden). Beide leisteten Pionierarbeit auf dem Gebiet der DNA-Mikroskopie, einer räumlichen biologischen Methode, bei der molekulare Netzwerke in intakten Proben aufgebaut werden, um die dreidimensionale Nähe zwischen Transkripten zu kodieren. Diese Netzwerke werden durch DNA-Sequenzierung ausgelesen, um eine Proximity-Matrix zu erstellen, aus der ein 3D-Bild der Genexpression rechnerisch rekonstruiert wird - wobei sowohl relative Raumkoordinaten als auch Sequenzinformationen auf Nukleotidebene in einer einzigen Messung erfasst werden.

Die Technologie von CubaseBio basiert auf den Grundlagen, die von Weinstein (UChicago) und Forschern des Karolinska-Instituts und der KTH in Schweden - darunter Björn Högberg und Ian Hoffecker - geschaffen wurden. Högbergs Pionierarbeit bildete die Grundlage für das EIC-Übergangsstipendium "Spatial Fuseseq", das an CubaseBio vergeben wurde. Dr. Kuhnemund und Dr. Qian sind erfahrene Pioniere der räumlichen Biologie und ehemalige Mitbegründer von CARTANA, einer Ausgründung des Scilifelab, die Pionierarbeit im Bereich der In-Situ-Sequenzierung leistete und 2020 von 10X Genomics übernommen wurde, um die Grundlage für die Xenium In-Situ-Plattform zu bilden.

Kuhnemund (CEO) kommentierte: "Biologie ist dreidimensional. Wir wollen es ermöglichen, sie auf diese Weise zu messen. Wir sind begeistert, dass wir von starken Life-Science-Tech-Investoren und dem Europäischen Innovationsrat unterstützt werden, der unser Unternehmen für die hohe Skalierbarkeit und die disruptive Wirkung unserer Technologie ausgezeichnet hat."

Prof. Weinstein, der seine Arbeit zur volumetrischen DNA-Mikroskopie auf der kommenden AGBT-Tagung in Orlando vorstellen wird, sagte: "Die DNA-Mikroskopietechnik von CubaseBio bietet einen skalierbaren Weg zur räumlich-transkriptomischen Analyse komplexer dreidimensionaler biologischer Proben wie Organoide und ganze Organismen.