Les premiers génomes anciens d'herpèsvirus humains témoignent de leur longue histoire avec l'homme
Les données génomiques confirment que certains herpèsvirus humains sont entrés dans le génome humain il y a des milliers d'années
Pour la première fois, des scientifiques ont reconstitué d'anciens génomes des bêtaherpesvirus humains 6A et 6B (HHV-6A/B) à partir de restes humains archéologiques vieux de plus de deux millénaires. L'étude, dirigée par l'université de Vienne et l'université de Tartu (Estonie) et publiée dans Science Advances, confirme que ces virus ont évolué avec et au sein de l'homme depuis au moins l'âge de fer. Les résultats retracent la longue histoire de l'intégration du HHV-6 dans les chromosomes humains et suggèrent que le HHV-6A a perdu cette capacité très tôt.
Technicien de laboratoire et l'un des auteurs dans le laboratoire d'ADN ancien à contamination contrôlée de l'université de Tartu, extrayant de minuscules quantités d'ADN de squelettes vieux de plusieurs siècles.
Copyright: University of Tartu Institute of Genomics Ancient DNA Laboratory
Le HHV-6B infecte environ 90 % des enfants avant l'âge de deux ans et est surtout connu pour être à l'origine de la roseola infantum - ou "sixième maladie" -, principale cause de convulsions fébriles chez les jeunes enfants. Avec son proche parent HHV-6A, il appartient à un groupe d'herpèsvirus humains très répandus qui provoquent généralement des infections latentes à vie après une première maladie bénigne dans la petite enfance. Ce qui les rend exceptionnels, c'est leur capacité à s'intégrer dans les chromosomes humains - une caractéristique qui permet au virus de rester dormant et, dans de rares cas, d'être hérité en tant que partie du génome de l'hôte. De telles copies virales héritées sont présentes chez environ un pour cent des personnes aujourd'hui. Alors que des études antérieures avaient émis l'hypothèse que ces intégrations étaient anciennes, les nouvelles données de cette étude en apportent la première preuve génomique directe.
Récupérer l'ADN viral d'un passé lointain
Une équipe de recherche internationale dirigée par l'université de Vienne et l'université de Tartu (Estonie), en collaboration avec l'université de Cambridge et l'University College London, a examiné près de 4 000 échantillons de squelettes humains provenant de sites archéologiques de toute l'Europe. Onze génomes viraux anciens ont été identifiés et reconstruits, le plus ancien provenant d'une jeune fille de l'âge du fer en Italie (1100-600 avant notre ère). Les autres individus couvraient un large éventail géographique et temporel : Les deux types de HHV ont été trouvés dans l'Angleterre médiévale, en Belgique et en Estonie, tandis que le HHV-6B est également apparu dans des échantillons provenant d'Italie et du début de la Russie historique. Plusieurs des individus anglais étaient porteurs de formes héréditaires du HHV-6B, ce qui fait d'eux les premiers porteurs connus d'herpèsvirus humains intégrés dans le chromosome. Le site belge de Saint-Trond a enregistré le plus grand nombre de cas, les deux espèces virales circulant au sein de la même population.
"Alors que le HHV-6 infecte près de 90 % de la population humaine à un moment ou à un autre de sa vie, seul 1 % environ est porteur du virus, hérité de ses parents, dans toutes les cellules de son corps. Ce sont ces 1 % de cas que nous avons le plus de chances d'identifier à l'aide de l'ADN ancien, ce qui rend la recherche de séquences virales assez difficile", a déclaré la chercheuse principale de l'étude, Meriam Guellil, de l'université de Vienne, département d'anthropologie évolutive. "D'après nos données, l'évolution des virus peut désormais être retracée sur plus de 2 500 ans à travers l'Europe, en utilisant des génomes datant du 8e au 6e siècle avant notre ère jusqu'à aujourd'hui."
Intégrations anciennes, conséquences durables
Les génomes retrouvés ont permis aux chercheurs de déterminer à quel endroit des chromosomes les virus s'étaient intégrés. Les comparaisons avec les données modernes ont révélé que certaines intégrations s'étaient produites il y a très longtemps et s'étaient transmises de génération en génération pendant des millénaires. L'une des deux espèces virales (HHV-6A) semble avoir perdu sa capacité à s'intégrer dans l'ADN humain au fil du temps, ce qui prouve que ces virus ont évolué différemment en coexistant avec leurs hôtes humains.
"Le fait de porter une copie du HHV6B dans son génome a été associé à l'angine de poitrine", explique Charlotte Houldcroft (département de génétique, université de Cambridge). "Nous savons que ces formes héréditaires de HHV6A et B sont plus courantes au Royaume-Uni aujourd'hui que dans le reste de l'Europe, et il s'agit de la première preuve de l'existence d'anciens porteurs en Grande-Bretagne.
Un nouveau chapitre de l'évolution virus-hôte
La découverte de ces anciens génomes de HHV-6 fournit la première preuve horodatée de la coévolution à long terme de ce virus avec l'homme au niveau génomique. Elle montre également comment l'ADN ancien peut révéler l'évolution à long terme des maladies infectieuses, depuis les infections infantiles de courte durée jusqu'aux séquences virales qui sont devenues partie intégrante du génome humain. Découverts seulement dans les années 1980, les virus HHV-6A et HHV-6B remontent maintenant à l'âge du fer, ce qui constitue une preuve génomique directe de l'existence d'une histoire ancienne et commune entre les virus et les humains. "Les données génétiques modernes suggèrent que le HHV-6 a pu évoluer avec l'homme depuis notre migration hors d'Afrique", explique M. Guellil. "Ces génomes anciens fournissent maintenant la première preuve concrète de leur présence dans le passé humain profond.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Meriam Guellil et al. (2025). Tracing 2500 Years of Human Betaherpesvirus 6A and 6B Diversity Through Ancient DNA. In Science Advances (2025).
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