Comment décoder plus facilement l'ADN
Un nouveau logiciel simplifie l'analyse des gènes sauteurs
Les recherches du professeur Ralph Panstruga et de son équipe à la RWTH contribuent à simplifier considérablement l'analyse des séquences d'ADN. Leurs résultats viennent d'être publiés dans la revue Nature Communications.
Jusqu'à présent, la détection et l'analyse de sections spécifiques du matériel génétique étaient des tâches très complexes et fastidieuses. Une équipe dirigée par le professeur Ralph Panstruga de l'unité de biologie cellulaire moléculaire des plantes de la RWTH a mis au point un outil permettant de rationaliser ce processus.
TEtrimmer est un logiciel conçu pour identifier et comparer des segments d'ADN connus sous le nom d'éléments transposables (ET), ou "gènes sauteurs". L'étude, réalisée en collaboration avec le professeur Tony Heitkam (chaire de botanique moléculaire) et l'assistante Lisa Fürtauer (département de physiologie moléculaire des plantes), est désormais disponible dans Nature Communications.
Les éléments transposables sont des segments d'ADN répétitifs qui peuvent se déplacer à l'intérieur des génomes. Découverts pour la première fois en 1948 par la généticienne Barbara McClintock, lauréate du prix Nobel, dans des plants de maïs, ils sont aujourd'hui présents dans presque tous les organismes étudiés et, chez l'homme, ils représentent près de la moitié du génome. Autrefois considérés comme de l'"ADN poubelle", ils sont aujourd'hui reconnus comme jouant un rôle central dans l'évolution, le développement de l'organisme et même la fonction du système immunitaire. Ils peuvent également porter des séquences régulatrices qui activent ou désactivent des gènes.
Malgré leur importance, les éléments transgéniques restent notoirement difficiles à analyser. Les mutations, la fragmentation et les insertions imbriquées rendent l'annotation précise, c'est-à-dire l'identification correcte des éléments transgéniques sur l'ensemble du génome, extrêmement complexe. Les logiciels existants produisent souvent des résultats incomplets ou inexacts, ce qui oblige les experts à examiner et à corriger les données manuellement.
C'est là que l'étude des chercheurs de la RWTH, "TEtrimmer : A Tool to Automate the Manual Curation of Transposable Elements" (TEtrimmer : un outil pour automatiser la curation manuelle des éléments transposables). L'étude présente TEtrimmer, un outil logiciel qui combine des méthodes phylogénétiques (utilisées pour étudier les relations évolutives) avec l'apprentissage automatique pour regrouper les séquences d'éléments transposables, et qui applique une nouvelle stratégie de fenêtre coulissante pour filtrer les régions mal conservées. Il est également doté d'une interface graphique conviviale et de rapports détaillés.
TEtrimmer comble le fossé entre l'annotation manuelle laborieuse et les outils automatisés peu fiables. Il rend l'analyse des éléments transposables non seulement plus rapide et plus précise, mais aussi accessible à une communauté scientifique beaucoup plus large.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Autres actualités du département science
