Como é que o ADN pode ser descodificado mais facilmente
Novo software simplifica a análise dos "genes saltadores"
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A investigação do Professor Ralph Panstruga e da sua equipa no RWTH está a ajudar a simplificar significativamente a análise da sequência de ADN. As suas descobertas foram agora publicadas na revista Nature Communications.
Até agora, a deteção e análise de secções específicas de material genético era uma tarefa altamente complexa e morosa. Uma equipa liderada pelo Professor Ralph Panstruga da Unidade de Biologia Celular Molecular Vegetal do RWTH desenvolveu uma ferramenta para simplificar este processo.
O TEtrimmer é um software concebido para identificar e comparar segmentos de DNA conhecidos como elementos transponíveis (TEs), ou "genes saltadores". O estudo, efectuado em colaboração com o Professor Tony Heitkam (Cátedra de Botânica Molecular) e a Professora Assistente Lisa Fürtauer (Departamento de Fisiologia Molecular das Plantas), está agora disponível na revista Nature Communications.
Os elementos transponíveis são segmentos de ADN repetitivos que se podem deslocar no interior dos genomas. Descobertos pela primeira vez em 1948 pela geneticista Barbara McClintock, galardoada com o Prémio Nobel, em plantas de milho, sabe-se agora que ocorrem em quase todos os organismos estudados - e, nos seres humanos, constituem quase metade do genoma. Outrora considerados como "ADN inútil", reconhece-se agora que desempenham um papel central na evolução, no desenvolvimento dos organismos e até na função do sistema imunitário. Podem também conter sequências reguladoras que activam ou desactivam genes.
Apesar da sua importância, os TEs continuam a ser notoriamente difíceis de analisar. As mutações, a fragmentação e as inserções aninhadas tornam a anotação exacta - a identificação correta dos TEs no genoma - extremamente complexa. O software existente produz frequentemente resultados incompletos ou imprecisos, obrigando os especialistas a rever e corrigir os dados manualmente.
É aqui que entra o estudo dos investigadores do RWTH, "TEtrimmer: A Tool to Automate the Manual Curation of Transposable Elements" (Uma ferramenta para automatizar a curadoria manual de elementos transponíveis). O estudo apresenta o TEtrimmer, uma ferramenta de software que combina métodos filogenéticos (utilizados para estudar relações evolutivas) com aprendizagem automática para agrupar sequências de TE e aplica uma nova estratégia de janela deslizante para filtrar regiões pouco conservadas. Possui também uma interface gráfica de fácil utilização e relatórios pormenorizados.
O TEtrimmer preenche a lacuna entre a anotação manual meticulosa e as ferramentas automatizadas pouco fiáveis. Torna a análise de elementos transponíveis não só mais rápida e mais exacta, mas também acessível a uma comunidade científica muito mais vasta.
Observação: Este artigo foi traduzido usando um sistema de computador sem intervenção humana. A LUMITOS oferece essas traduções automáticas para apresentar uma gama mais ampla de notícias atuais. Como este artigo foi traduzido com tradução automática, é possível que contenha erros de vocabulário, sintaxe ou gramática. O artigo original em Inglês pode ser encontrado aqui.
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