Cómo descifrar más fácilmente el ADN
Un nuevo software simplifica el análisis de los "genes saltarines"
Las investigaciones del profesor Ralph Panstruga y su equipo de la RWTH contribuyen a simplificar considerablemente el análisis de secuencias de ADN. Sus hallazgos se publican ahora en Nature Communications.
Hasta ahora, detectar y analizar secciones específicas de material genético era una tarea muy compleja y que requería mucho tiempo. Un equipo dirigido por el profesor Ralph Panstruga, de la Unidad de Biología Celular Molecular Vegetal de la RWTH, ha desarrollado una herramienta para agilizar este proceso.
TEtrimmer es un software diseñado para identificar y comparar segmentos de ADN conocidos como elementos transponibles (TEs), o "genes saltarines". El estudio, realizado en colaboración con el profesor Tony Heitkam (Cátedra de Botánica Molecular) y la profesora adjunta Lisa Fürtauer (Departamento de Fisiología Molecular de Plantas), se publica ahora en Nature Communications.
Los elementos transponibles son segmentos repetitivos de ADN que pueden moverse dentro de los genomas. Descubiertos por primera vez en 1948 por la genetista Barbara McClintock, ganadora del Premio Nobel, en plantas de maíz, hoy se sabe que están presentes en casi todos los organismos estudiados y que, en los seres humanos, constituyen casi la mitad del genoma. Antes considerados "ADN basura", ahora se reconoce que desempeñan un papel fundamental en la evolución, el desarrollo de los organismos e incluso la función del sistema inmunitario. También pueden contener secuencias reguladoras que activan o desactivan genes.
A pesar de su importancia, los TE siguen siendo notoriamente difíciles de analizar. Las mutaciones, la fragmentación y las inserciones anidadas hacen que la anotación precisa -identificar correctamente los TE en todo el genoma- sea extremadamente compleja. El software existente produce a menudo resultados incompletos o inexactos, lo que obliga a los expertos a revisar y corregir los datos manualmente.
Ahí es donde el estudio de los investigadores del RWTH, "TEtrimmer: A Tool to Automate the Manual Curation of Transposable Elements". El estudio presenta TEtrimmer, una herramienta informática que combina métodos filogenéticos (utilizados para estudiar las relaciones evolutivas) con aprendizaje automático para agrupar secuencias de TE, y aplica una nueva estrategia de ventana deslizante para filtrar las regiones poco conservadas. Además, cuenta con una interfaz gráfica de fácil manejo e informes detallados.
TEtrimmer tiende un puente entre la laboriosa anotación manual y las herramientas automatizadas poco fiables. Hace que el análisis de elementos transponibles no sólo sea más rápido y preciso, sino también accesible a una comunidad científica mucho más amplia.
Nota: Este artículo ha sido traducido utilizando un sistema informático sin intervención humana. LUMITOS ofrece estas traducciones automáticas para presentar una gama más amplia de noticias de actualidad. Como este artículo ha sido traducido con traducción automática, es posible que contenga errores de vocabulario, sintaxis o gramática. El artículo original en Inglés se puede encontrar aquí.
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