D'où vient Omicron ?

Découverte il y a un an en Afrique du Sud, la variante du SRAS-CoV-2, surnommée "Omicron", s'est propagée à travers le monde à une vitesse incroyable. On ne sait toujours pas exactement comment, quand et où ce virus est apparu. Aujourd'hui, une étude publiée dans la revue Science par des chercheurs de la Charité - Universitätsmedizin Berlin et d'un réseau d'institutions africaines montre que les prédécesseurs d'Omicron existaient sur le continent africain bien avant l'identification des premiers cas, ce qui suggère qu'Omicron est apparu progressivement sur plusieurs mois dans différents pays d'Afrique.

Depuis le début de la pandémie, le coronavirus est en constante évolution. Le plus grand saut observé à ce jour dans l'évolution du SRAS-CoV-2 a été constaté par les chercheurs il y a un an, lorsqu'une variante a été découverte qui différait du génome du virus original par plus de 50 mutations. Détecté pour la première fois chez un patient en Afrique du Sud à la mi-novembre 2021, le variant baptisé par la suite Omicron BA.1 s'est propagé à 87 pays dans le monde en quelques semaines seulement. À la fin du mois de décembre, elle avait remplacé la variante Delta, auparavant dominante dans le monde entier.

Depuis lors, les spéculations sur l'origine de cette variante hautement transmissible s'articulent autour de deux grandes théories : Soit le coronavirus est passé d'un humain à un animal où il a évolué avant d'infecter à nouveau un humain sous le nom d'Omicron, soit le virus a survécu plus longtemps chez une personne dont le système immunitaire était affaibli et c'est là que les mutations se sont produites. Une nouvelle analyse d'échantillons de COVID-19 collectés en Afrique avant la première détection d'Omicron jette désormais le doute sur ces deux hypothèses.

L'analyse a été réalisée par une équipe de recherche internationale dirigée par le professeur Jan Felix Drexler, un scientifique de l'Institut de virologie de la Charité et du Centre allemand de recherche sur les infections (DZIF). Parmi les autres partenaires clés du réseau euro-africain figuraient l'Université de Stellenbosch en Afrique du Sud et le Laboratoire de la fièvre hémorragique virale (LFHB) au Bénin. Les scientifiques ont commencé par mettre au point un test PCR spécial pour détecter spécifiquement la variante BA.1 de l'Omicron. Ils ont ensuite testé plus de 13 000 échantillons respiratoires de patients atteints de COVID-19 qui avaient été prélevés dans 22 pays africains entre la mi-2021 et le début 2022. Ce faisant, l'équipe de recherche a trouvé des virus présentant des mutations spécifiques à Omicron chez 25 personnes de six pays différents ayant contracté le COVID-19 en août et septembre 2021 - deux mois avant que la variante ne soit détectée pour la première fois en Afrique du Sud.

Pour en savoir plus sur les origines d'Omicron, les chercheurs ont également décodé, ou "séquencé", le génome viral de quelque 670 échantillons. Un tel séquençage permet de détecter de nouvelles mutations et d'identifier de nouvelles lignées virales. L'équipe a découvert plusieurs virus présentant des degrés divers de similarité avec Omicron, mais ils n'étaient pas identiques. "Nos données montrent qu'Omicron avait différents ancêtres qui ont interagi les uns avec les autres et ont circulé en Afrique, parfois simultanément, pendant des mois", explique le professeur Drexler. "Cela suggère que le variant BA.1 Omicron a évolué progressivement, période au cours de laquelle le virus s'est de plus en plus adapté à l'immunité humaine existante." En outre, les données PCR ont conduit les chercheurs à conclure que, bien qu'Omicron ne soit pas né uniquement en Afrique du Sud, il a d'abord dominé les taux d'infection dans cette région avant de se propager du sud au nord du continent africain en quelques semaines seulement.

"Cela signifie que l'ascension soudaine d'Omicron ne peut être attribuée à un saut depuis le règne animal ou à l'émergence chez une seule personne immunodéprimée, bien que ces deux scénarios aient également pu jouer un rôle dans l'évolution du virus", explique le professeur Drexler. "Le fait qu'Omicron nous ait pris par surprise est plutôt dû à l'angle mort du diagnostic qui existe dans de grandes parties de l'Afrique, où seule une petite fraction des infections au SRAS-CoV-2 est vraisemblablement enregistrée. L'évolution progressive d'Omicron a donc tout simplement été négligée. Il est donc important que nous renforcions maintenant de manière significative les systèmes de surveillance diagnostique sur le continent africain et dans les régions comparables du Sud, tout en facilitant également le partage des données au niveau mondial. Seules de bonnes données peuvent empêcher les décideurs de mettre en œuvre au mauvais moment des mesures d'endiguement potentiellement efficaces, telles que des restrictions de voyage, qui peuvent finir par causer plus de dommages économiques et sociaux que de bienfaits."