Gut aufgestellt sind die Wissenschaftler des Instituts für Technische
Biochemie der
Universität Stuttgart mit ihrem neuen Hochleistungs-PC-Cluster. Der aus Standardkomponenten im Zentrum für
Bioverfahrenstechnik der Universität Stutt-gart installierte Cluster liegt mit 256 Prozessoren auf Platz 16 der leistungsfähigs-ten Computersysteme in
Deutschland, europaweit auf Position 47 und weltweit auf Rang 205 der am 24. Juni in Heidelberg auf der "International
Supercomputer Conference" vorgestellten Liste der 500 schnellsten Hochleistungsrechner der Welt. Berücksichtigt man nur die an akademischen Institutionen installierten Computer, dann stehen die Stuttgarter Biochemiker in Deutschland auf dem fünften Rang, europaweit auf Position 16 und weltweit auf Position 64. Die Mitarbeiter des Instituts für Technische Biochemie nutzen die theoretische Spitzenleistung von 785 GigaFlops zur Forschung an biochemischen und medizinischen Fragestellungen. Die Modellierung der dynamischen Eigenschaften komplexer biologischer
Makromoleküle erfordert ein großes Maß an Rechenleistung. Die Modelle werden eingesetzt, um die Ursachen für Erkrankungen auf molekularer Ebene zu untersuchen und mit Hilfe des Computers neue
Wirkstoffe und
Katalysatoren für biotech-nologische Anwendungen gezielt zu entwickeln.
Cluster ermöglicht Forschung auf der molekularen Ebene
Der vom Bundesministerium für Bildung und Forschung geförderte Stuttgarter BioCORTEX-Cluster (Biology by Computational Research Tools and Experiments) wird ausschließlich zur Bearbeitung biotechnologischer und medizinischer Fragestellungen eingesetzt. Im Mittelpunkt steht die Frage, wie die Eigenschaften von Proteinen von ihrer Sequenz abhängen und wie sie sich gezielt ändern lassen. Das enorme Potential an Rechenleistung versetzt die Mitarbeiter in die Lage, auf einer molekularen Ebene Fragestellungen zu bearbeiten, die aufgrund ihrer Komplexität weltweit bislang nur von wenigen Forschungsgruppen angegangen werden konnten: warum ähnliche
Proteine unterschiedliche Eigenschaften aufweisen, wie es
Bakterien schaffen, resistent gegen ein Antibiotikum zu werden, oder warum ein Medikament von verschiedenen Patienten unterschiedlich abgebaut wird.
Daten zum BioCORTEX-Cluster
Der BioCORTEX-Cluster besteht aus 128 Rechnerknoten mit jeweils zwei AMD Athlon MP1800+Prozessoren, die mit dem Myrinet2000 Hochgeschwindigkeitsnetz miteinander verbunden sind. Der Cluster verfügt über einen verteilten Hauptspei-cher von 128 GigaByte; zur Datenspeicherung ist er mit zwei TeraByte lokalem und zehn TeraByte verteiltem Festplattenspeicher ausgestattet. Die Rechenleis-tung nach dem Linpack-Benchmark beträgt 478 GigaFlops, die theoretische Spit-zenleistung 785 GigaFlops.