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Neue Software von LION bioscience für PerkinElmer ermöglicht die Analyse der Datenqualität und -präzision von SNP-Rohdaten
Verbesserte Genotypanalyse mit SNPscorer™
01.10.2002
Heidelberg, 1. Oktober 2002 Die Heidelberger LION bioscience AG und der amerikanische Hersteller PerkinElmer Life Sciences gaben heute die Markteinführung von SNPscorer(TM) bekannt, einem speziellen Softwarepaket für die SNP-Genotyp-Analyse. Die Analyse der Single-Nukleotid-Polymorphismen (SNP) im Erbgut eines Organismus (Genotyp) können zur Identifikation von genetisch bedingten Erkrankungen beitragen.
SNPscorer™ ist ein Produkt von PerkinElmer. Die verwendete Software wurde von der LION bioscience AG entwickelt und an PerkinElmer lizenziert. Das Softwarepaket verbessert die Genotyp-Analyse mit Reagenzien und Instrumenten des amerikanischen Herstellers, der das Produkt diese Woche auf der Genome Sequencing and Analysis-Konferenz in Boston vorstellt.
Das Produkt SNPscorer™ setzt auf der SNP-Plattform „AcycloPrime-FP“ von PerkinElmer auf, die das weit verbreitete FP-TDI-Protokoll verwendet und die gängigen Labortechniken nutzt. Mit der Software können Anwender von AcycloPrime-FP die SNP-Rohdaten schnell, einfach und sehr effizient in die entsprechenden Genotypdaten umwandeln. Diese zeigen genetische Variationen in Organismen auf und können damit wertvolle Informationen über die Ursachen von Krankheiten sowie zu möglichen Therapien liefern. Die mit der LION Software automatisierte Genotyp-Analyse mit hochentwickelten Cluster-Analysemethoden eliminiert das bisherig übliche zeitaufwendige manuelle Verfahren.
Um die Genauigkeit der Forschungsergebnisse zu steigern, haben die Softwareexperten von LION für SNPscorer™ eine Funktionalität entwickelt, mit der die Anwender Genotypdaten unter Verwendung von objektiven Qualitätskriterien auswerten können. Die Ergebnisse lassen sich einfach verwalten und können in relationalen Datenbanken wie Oracle oder Microsoft Access gespeichert werden.
Das Software-Paket ist benutzerfreundlich ausgelegt und bietet manuelles Editieren, Best Model Fitting, Hardy-Weinberg-Tests sowie die Möglichkeit zur Anbindung an Datenbanken. SNPscorer™ ist damit ein optimales Werkzeug für Forscher in den Bereichen SNP-Nachweis, Genotypisierung und Pharmakogenomik.
„Mit seinem Know-how auf dem Gebiet der Bioinformatik und der Genotypisierung konnte LION ein Spezialsoftwarepaket entwickeln, das sehr anwenderfreundlich und intuitiv bedienbar ist“, so Dr. Peter Coggins, President bei PerkinElmer Life Sciences. „Wie alle PerkinElmer-Produkte für die funktionelle Genom- und Proteomforschung wurde auch diese Software besonders stark auf die Bedürfnisse der Kunden ausgelegt.“
„Die Zusammenarbeit zwischen LION und PerkinElmer ist ein weiteres Beispiel für das große Potenzial an Wertsteigerung, das unser kombiniertes Know-how aus Forschung und Informatik für die Kunden im Life Science-Sektor bietet“, so Drew Arnold, Senior Director für Business Development bei LION bioscience. “Unsere Softwareentwickler sind Wissenschaftler und verstehen die von den Forschern analysierten Daten genau. Sie können sich in die Situation des Kunden hineinversetzen und klar definieren, welche IT-Funktionalitäten für die Verbesserung der Genauigkeit und die Beschleunigung der Forschungsleistung erforderlich sind. Das Ergebnis unserer Zusammenarbeit mit PerkinElmer ist eine effiziente Lösung für die SNP-Genotypisierung, die durch den Einsatz automatisierter Datenanalyse jetzt noch schlagkräftiger geworden ist.”
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