Assembler (Bioinformatik)

Ein Assembler ist ein Computerprogramm, das eine Genomassemblierung durchführt. Dabei wird eine durch eine Shotgun Sequenzierung gewonnene Menge kurzer DNA Sequenzen (Reads) so angeordnet, dass sie das ursprüngliche Genom ergeben.

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Software

AMOS (A Modular, Open-Source assembler) ist ein Open-Source-Projekt, das sich zum Ziel gesetzt hat einen modularen und quelloffenen Assembler zu schaffen. Das Projekt wurde am Institute for Genomic Research von Steven Salzberg, Mihai Pop und Art Delcher ins leben gerufen.

Der Celera Assembler wurde von Gene Myers, Granger Sutton und Art Delcher bei Celera Genomics von 1998 bis 2002 entwickelt. Seitdem wird das Projekt auf SourceForge weiterentwickelt.

Der Arachne Assembler wurde 2000 von Serafim Batzoglou als Doktorarbeit ins leben gerufen. Seitdem wird er durch ein Team, geleitet von David B. Jaffe, am Broad Institute weiterentwickelt.

Siehe auch

• Shotgun Sequencing
• DNA-Sequenzierung

Weblinks

• "Der Celera Assembler", Seminararbeit, 2005
• Projektseite des AMOS-Assemblers
• Projektseite des Celera Assemblers
• Projektseite des Arachne Assemblers