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Pfam



Pfam (Protein Families) ist eine per Webbrowser abrufbare Datenbank für bioinformatische Zwecke. Sie wurde 1997 von den Bioinformatikern Erik Sonnhammer (Karolinska Institutet, Stockholm), Sean Eddy (Washington University in St. Louis), und Richard Durbin (Sanger Center, Cambridge) aufgebaut. [1]. Um etliche Funktionalitäten erweitert, kam Anfang 2006 die Aktualisierung 18 heraus.[2] Die Datenbank Pfam ist eine Sammlung von multiplen Alignments, die mit Hilfe von Hidden Markov Modellen zusammengestellt wurden.[3].

Mit Hilfe von Pfam kann man die Zusammensetzung eines Proteins aus einzelnen Proteindomänen ermitteln. Pfam besteht aus zwei Teilen, Pfam-A und Pfam-B. In Pfam-A sind gut charakterisierte Domänen zusammengefasst, während sich Domänen mit unbekannter Funktion in Pfam-B befinden.

Literatur

  1. Sonnhammer EL, Eddy SR, Durbin R. Pfam: a comprehensive database of protein domain families based on seed alignments. Proteins 28:405-420. 1997 PMID 9223186
  2. Finn RD, Mistry J, Schuster-Bockler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A.Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Res. 34:D247-251. 2006 PMID 16381856
  3. Durbin, R., Eddy S., Krogh, A., Mitchison G. Biological Seqeuence Analysis. Cambridge University Press, Cambridge, 1998 ISBN 0-521-62041-4
 
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