Une étude identifie la mutation du pic du SRAS-CoV-2 qui "échappe" aux cellules T tueuses générées par l'infection et la vaccination.

Des scientifiques de l'Université de Cardiff préconisent de surveiller les "échappées virales" et préviennent qu'il faudra peut-être modifier les vaccins.

05.08.2022 - Grande-Bretagne

Des scientifiques britanniques ont mis en évidence une mutation de la protéine Spike du SARS-CoV-2 qui permet au virus d'échapper à d'importantes cellules immunitaires induites par l'infection et les vaccins.

La mutation P272L Spike est apparue pour la première fois lors de la deuxième vague de COVID-19 au Royaume-Uni, qui a débuté en septembre 2020, et a été localisée dans la partie de la protéine Spike la plus fréquemment reconnue par les cellules T tueuses. La protéine Spike du SRAS est également à la base des vaccins actuels.

La "mutation d'échappement" a été trouvée dans plus de 100 lignées virales à ce jour, y compris celles classées comme "variantes préoccupantes". Elle a été observée dans des souches au Royaume-Uni et en Europe, ainsi qu'en Australie et aux États-Unis entre septembre 2020 et mars 2022.

Lorsqu'une mutation apparaît indépendamment à plusieurs reprises, on peut craindre que le virus évolue pour une raison précise, par exemple pour échapper au système immunitaire.

Une nouvelle étude menée par l'université de Cardiff et publiée dans Cell a montré que la mutation P272L Spike a échappé à la reconnaissance des cellules T tueuses dans un groupe de travailleurs de la santé du sud du Pays de Galles infectés par le SRAS-CoV-2 au début de la pandémie. La mutation a également échappé à toutes les cellules T élevées contre cette partie du virus chez des donneurs qui avaient été vaccinés.

Les chercheurs affirment qu'il est important de surveiller les "échappées virales" et que si des mutations comme la mutation P272L commencent à dominer, il faudra peut-être modifier les futurs vaccins pour y inclure d'autres protéines virales.

L'auteur principal, le professeur Andrew Sewell, de la Faculté de médecine et de l'Institut de recherche sur l'immunité des systèmes de l'Université de Cardiff, a déclaré : "Nous avons étudié plus de 175 types de virus différents : "Nous avons étudié plus de 175 types différents de cellules T tueuses qui pouvaient voir la partie du virus contenant la mutation P272L et nous avons été surpris de constater que cette seule mutation entraînait un échappement chez tous les donneurs étudiés.

"Des mutations d'échappement similaires ont été observées dans les virus de la grippe. On a estimé que le virus à l'origine de la pandémie de grippe de Hong Kong en 1968 a muté pour échapper à la reconnaissance par un type de cellule T tueuse une fois tous les trois ans."

Dans cette étude, le P272L a échappé à plus de 175 récepteurs de lymphocytes T - tant chez les patients COVID que chez ceux qui avaient été vaccinés.

Depuis la fin de l'étude de Cardiff, la mutation a été observée dans la variante originale Omicron (BA.1) en Angleterre. Cette variante a été supplantée par d'autres variantes d'Omicron (plus récemment BA.5) qui sont plus transmissibles, mais les chercheurs prévoient que le mutant d'échappement des cellules T tueuses peut apparaître et se transmettre dans la variante BA.5 et toute variante ultérieure.

Le professeur Tom Connor, expert en génomique du SRAS-CoV-2 à l'école des biosciences et à l'institut de recherche sur l'immunité des systèmes de l'université de Cardiff, a déclaré : "La mutation P272L est apparue dans de nombreuses lignées différentes de SRAS-CoV-2 depuis le début de la pandémie. L'évolution indépendante de la même mutation dans plusieurs lignées virales est un exemple d'homoplasie, ce qui peut être le signe d'une mutation qui pourrait conférer un avantage sélectif.

"Je pense que nous pourrons observer d'autres occurrences de la variante P272L au fil du temps, à mesure que le virus poursuit son évolution vers un pathogène humain. Nos travaux soulignent tout ce qu'il nous reste à apprendre sur le SRAS-CoV-2, et l'importance de surveiller l'échappement des cellules T à l'avenir."

Le Dr Lucy Jones, responsable de la recherche clinique au Cwm Taf Morgannwg University Health Board, qui a recueilli les échantillons de l'étude, a déclaré : "Notre étude a porté sur la reconnaissance de la protéine de pointe du virus par le type le plus courant de cellules T tueuses dans la population. Si la mutation P272L vient à prédominer à terme, il pourrait être avantageux de fournir des rappels de vaccin avec cette nouvelle séquence ou d'étendre la vaccination pour inclure d'autres protéines virales.

"Les vaccins actuels fonctionnent bien et devraient toujours être adoptés par la population, mais nos recherches suggèrent que les vaccins pourraient devoir être modifiés à mesure que nous en apprenons davantage sur le virus."

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