Als somatische Hypermutation wird das Einfügen von Mutationen in die Antikörpergene einer reifenden B-Zelle bezeichnet. Es handelt sich um einen wichtigen Schritt des adaptiven Immunsysstems. Mit Hilfe des Enzyms "Activation Induced Cytidine Deaminase" (AID oder auch AICDA) entstehen zufällige Veränderungen der DNA, was in einigen Fällen zu erhöhter Affinität der Antikörper zu ihrem Antigen führt. Durch Selektion werden diejenigen Zellen ausgewählt, welche am besten das Antigen binden und es somit am effektivsten bekämpfen können. Die übrigen Zellen gehen zu Grunde. Dieser Prozess, welcher in den Keimzentren der sekundären lymphatischen Organe (Milz, Lymphknoten) stattfindet, ermöglicht es dem Organismus eine Vielzahl von verschiedenen Antikörpern zu produzieren, und sich somit an die auf ihn einwirkenden Pathogene anzupassen.