Pyrophosphatasen katalysieren die Umwandlung von organischem Pyrophosphat zu Orthophosphat. Es handelt sich um eine exergonische Reaktion, die an biochemische Reaktionen gekoppelt sein kann, wie z.B. die Lipid Synthese.

Thermus thermophilus besitzt eine für die Polymerase-Kettenreaktion geeignete, temperaturbeständige Pyrophosphatase. Bei der PCR entsteht durch die Umsetzung von Desoxynukleotidtriphosphaten zu Desoxynukleotidmonophosphaten viel Pyrophosphat, das inhibihierend auf den Prozess wirken kann. Durch den Abbau von Pyrophosphat lässt sich die Effizienz und Ausbeute der PCR steigern.

Pyrophosphatasen findet man von der Bakterienzelle bis zum menschlichen Organismus in allen Organismen. Durch den stark exergonen Charakter der Reaktion, die sie katalysieren, ermöglichen sie andere, thermodynamisch ungünstige, biochemische Reaktionen.

Die Pyrophosphatasen aus E. coli (ein Hexamer, also sechs Domänen) und aus menschlichen Zellen sowie Hefezellen (ein Dimer, also zwei Domänen) gehören zur Familie der Pyrophosphatasen 1.

Pyrophosphatase 2 kommt ausschließlich in Prokaryoten vor.

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