Die Pathogenese (aus griechisch πάθος, páthos „Leiden(schaft), Sucht, Pathos“ und γένεσις, génesis „Entstehung, Schöpfung, Geburt“) beschreibt Entstehung und Entwicklung einer Krankheit mit allen daran beteiligten Faktoren. Der mit naturwissenschaftlichen Methoden erfassbare Ablauf eines Krankheitsprozesses wird auch als Pathomechanismus bezeichnet. Die Ursachen einer Erkrankung hingegen werden in der Ätiologie abgehandelt.

Die psychosomatische oder personalistische Medizin stellt bei der Entstehung von Krankheiten, neben biologischen, verstärkt psychosoziale Faktoren in den Vordergrund. Sie versteht unter Pathogenese allgemein eine durch Einschränkung der individuellen Handlungsfähigkeit bedingte Leidensentstehung. Ziel dieser Betrachtungsweise ist, Verständnis für die Funktion biopsychischer Regulationsprozesse zu erlangen und patienteneigene Kompensationsfähigkeiten zu fördern.

Siehe auch: Krankheitsursachen, Pathologie, Salutogenese