Die Ependymzellen des SCO sezernieren ein Glykoprotein (SCO-Spondin) in den Liquor cerebrospinalis, das auch als Reissner-Substanz bekannt ist und sich zum Reissner-Faden zusammenlagert. Die Funktion des Reissnerschen Fadens ist unbekannt. Da SCO-Spondin in Zellkultur die Ausbildung neuronaler Zellfortsätze stimuliert, könnten das Subkommissuralorgan und sein Sekretionsprodukt eine Rolle bei der Embryonalentwicklung des ZNS spielen, z. B. beim Aussprossen der Axone. Störungen, insbesondere Agenese des SCO, werden auch mit Hydrocephalus in Verbindung gebracht.