Hypokotyl (grch.: hypo = unterhalb und kotyle = Höhlung; engl.: Hypocotyl) ist ein Fachausdruck der Botanik und bezeichnet den untersten Abschnitt der Sprossachse einer Samenpflanze vom Wurzelhals (das ist die Grenzzone zwischen Wurzel und Sprossachse) bis zu den Kotyledonen (Keimblättern).
Der nächsthöhere Abschnitt der Sprossachse zwischen Keimblättern und dem Primärblatt bzw. den Primärblättern ist das Epikotyl.
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