Als Humanpathogene bezeichnet man Organismen beziehungsweise im weiteren Sinne gelegentlich auch Noxen physikalischer oder chemischer Natur, die in der Lage sind, beim Menschen Krankheiten hervorzurufen.

So sind pathogene Prionen mit großer Wahrscheinlichkeit für die Creutzfeldt-Jakob-Krankheit beim Menschen, BSE („Rinderwahnsinn“) beim Rind oder Scrapie bei Schafen verantwortlich zu machen.

Andere Krankheitserreger wie das Pockenvirus als Erreger der Pocken oder das Masernvirus als Erreger der Masern sind ausschließlich humanpathogen, sodass im ersteren Fall die Erkrankung nach entsprechenden Anstrengungen schon 1977 von der Weltgesundheitsorganisation als ausgerottet erklärt werden konnte, andererseits auch die Masern als gefährlichste Infektionskrankheit im Kindesalter durch entsprechende Anstrengungen (nicht nur auf dem amerikanischen Doppelkontinent) ausgerottet werden könnten.