Ein Fusionsprotein (auch Hybridprotein) entsteht durch die gemeinsame Expression zweier Gene oder Genteile, die hintereinander im Genom liegen. Durch Entfernung des Stopp-Codons hinter dem ersten Gen oder durch eine Verschmelzung durch eine Chromosomenveränderung (bsp. Translokation) werden beide Gene so abgelesen, als ob es sich um ein einziges Gen handeln würde.

Ein bekanntes Fusionsprotein, dass durch eine Translokation entsteht, ist das BCR-ABL-Genprodukt, welches als Ursache der Chronischen myeloischen Leukämie (CML) angesehen wird. Es entsteht bei der Chromosomenveränderung, die zum Philadelphia-Chromosom führt.