Franz Chvostek junior (* 3. Oktober 1864 in Wien; † 17. April 1944 auf Burg Groppenstein in Obervellach, Kärnten) war ein österreichischer Internist und ist der Sohn von Franz Chvostek senior.
Chvostek studierte Medizin an der Universität Wien, wo er 1888 zum Dr. med. promoviert wurde. Er war Assistent bei Heinrich von Bamberger, Otto Kahler, Edmund von Neusser und bei Theodor Meynert. 1894 wurde er habilitiert.
1911 wurde er Ordinarius und Leiter der III. Medizinischen Klinik in Wien.
Chvostek beschrieb die nach ihm benannte chvosteksche Anämie.
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