Wie alle Zytostatika weist Epirubicin eine Reihe an Nebenwirkungen auf. Sehr häufig kommt es zum Haarausfall und einer Veränderung des Blutbildes. Etwas weniger häufig treten Übelkeit, Erbrechen, Herzmuskelschäden und Knochenmarksveränderungen auf. Seltene Nebenwirkungen sind Mundschleimhautentzündungen und Appetitlosigkeit.