Albendazol ist Mittel der Wahl bei der Behandlung der Zystizerkose und der Echinococcose des Menschen, entweder als Ergänzung zu oder in Kombination mit operativen Methoden oder, falls letztere kontraindiziert sind, als alleinige Therapiemaßnahme in Form einer Langzeitbehandlung. Albendazol kann auch zur Behandlung gegen Microsporidien (z. B. Encephalitozoonose) eingesetzt werden.