Die Acidogenese, die auch als Fermentation bezeichnet werden kann, stellt die zweite Stufe des fakultativ anaeroben Abbauprozesses während der Vergärung von biogenen Substanzen dar. Sie läuft gleichzeitig zur Hydrolyse ab und bei dieser unspezifischen Säurebildung werden die monomeren Interdukte der Hydrolyse einerseits in niedere Fett-/Karbonsäuren, wie z. B. Butter-, Propion- und Essigsäure, andererseits in niedere Alkohole, wie z. B. Ethanol, umgesetzt. Bei diesem Umsetzungsschritt verzeichnen die fakultativ anaeroben Mikroorganismen erstmals einen Energiegewinn und es werden bei dieser Umsetzung bereits bis zu 20% des Gesamtanteils an Essigsäure gebildet.
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